Ähnlich wie bei allen anderen Desinfektionsverfahren auch, besteht bei der thermischen eine der wichtigsten Herausforderungen darin, neben der Findung der richtigen Dosis (in diesem Falle die richtigen Werte für Temperatur und Zeit), die Bakterien in all ihren Habitaten und Rückzugsräumen einer komplexen Trinkwasser- Installation auch tatsächlich zu erreichen. Deshalb sollte zwingend als repräsentatives Kriterium für die Parameter Temperatur und Zeit nicht das aus der Zapfstelle austretende Wasser sein, sondern alle oder zumindest die repräsentativen Materialoberflächen der Installation.
Erst wenn hier die zuvor empirisch ermittelten Werte für Temperatur und Zeit gemessen werden können, kann man schlüssig annehmen, dass der gesamte Biofilm auch mit der mindestens notwendigen Temperatur penetriert wurde. Und alle Parameter sollten akribisch erfasst und protokolliert werden, am vorteilhaftesten über die Gebäudeautomation.
Damit schafft der Betreiber eines Gebäudes zugleich die Voraussetzungen, die Maßnahme thermische Desinfektion hinsichtlich ihrer möglichen Schwachstellen, also Ursachen des eventuellen Scheiterns, zu erkennen und abzustellen.